Репорт гсен ру

Методические рекомендации MP 3.1.0272-22″Молекулярно-генетический мониторинг штаммов возбудителя новой коронавирусной инфекции”(утв. Федеральной службой по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека 10 января 2022 г.)

I. Область применения

1.1. Настоящие методические рекомендации информируют об основных принципах организации и проведения молекулярно-генетического мониторинга штаммов возбудителя новой коронавирусной инфекции, циркулирующих на территории Российской Федерации.

1.2. Настоящие методические рекомендации предназначены для специалистов органов и организаций Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека, а также иных организаций, участвующих в проведении данного мониторинга.

1.3. Перечень научных организаций, противочумных учреждений Роспотребнадзора, осуществляющих полногеномное и фрагментное (мультилокусное) секвенирование материала от больных новой коронавирусной инфекцией, доставленного территориальными органами и организациями Роспотребнадзора в субъектах Российской Федерации, иными организациями, представлен в приложении 1 к настоящим методическим рекомендациям.

II. Критерии забора материала для определения геновариантов VOC SARS-COV-2 с помощью секвенирования

2.1. Приоритетные критерии для забора материала для секвенирования:

– от лиц, прибывших из-за рубежа;

– от контактных с прибывшими из-за рубежа;

– от контактных с лицами, у которых выявлен штамм SARS-CoV-2 “вызывающий озабоченность” (VOC);

– от лиц, инфицированных (с признаками и без признаков заболевания), спустя 30 и более суток после вакцинации;

– от больных с устойчивостью к лечению препаратами на основе специфических антител;

– от всех лиц с нетипичным течением заболевания (длительная вирусемия более 21 дня, наличие симптомов со стороны желудочно-кишечного тракта, нервной системы и др.) без сопутствующей патологии;

– от лиц из эпидемических очагов (в т.ч. семейных);

– от детей и подростов до 17 лет с клиническим признаками заболевания.

С учетом складывающейся эпидемиологической ситуации в субъекте Российской Федерации критерии для забора материала для секвенирования могут быть изменены.

2.2. Дополнительно целесообразно обеспечить забор материала с “потока” – от амбулаторных и стационарных пациентов.

2.3. Общий объем направленных на секвенирование проб из субъектов Российской Федерации – не менее 10% от всех положительных исследований (ПЦР) в неделю.

2.4. Доставка биоматериала осуществляется не менее двух раз в неделю по согласованию с лабораториями, проводящими секвенирование.

2.5. Требования к отбору материала.

2.5.1. В случае положительного результата ПЦР отбирается носоглоточный мазок в транспортной среде, который затем отправляется в соответствующую лабораторию. Допустимые для использования типы транспортных сред определяются строго по согласованию с организацией, осуществляющей секвенирование.

2.5.2. Лаборатории, проводящие секвенирование, самостоятельно определяют пригодность проб для проведения секвенирования.

2.5.3. Образцы необходимо подвергать глубокой заморозке и хранить до передачи в лабораторию в условиях, не допускающих их повторной разморозки, обеспечивая холодовую цепочку при транспортировке материала; при пересылке в течение 24 часов и менее от момента отбора материала образцы допускается перевозить при +4°С, не замораживая.

2.5.4. Для отбора респираторных мазков используются пробирки для взятия респираторных мазков, содержащих транспортную среду. Допускается использование криопробирок объемом 1,5-2 мл с внешней резьбой и завинчивающимися крышками с уплотнительным кольцом, исключающим протекание биологической жидкости, в которые внесена транспортная среда в объёме 0,6 мл. Недопустимо использовать другой тип пробирок. Пробирки с материалом должны иметь четкую несмываемую маркировку.

III. Требования к сопроводительной информации о предоставляемом материале

3.1. Сопроводительная информация должна предоставляться организациям, осуществляющим секвенирование, через заполнение онлайн-формы в соответствии с инструкцией, представленной в приложение 2 “Инструкция по регистрации образца”.

3.2. После загрузки обязательной информации образцу выдаётся уникальный идентификационный номер и формируется сопроводительный лист. Сопроводительный лист распечатывается и вкладывается в посылку, содержащую контейнер с образцами.

3.4. Сопроводительная информация должна содержать перечисленные ниже данные об образце (обязательные поля выделены жирным шрифтом и отмечены “*”):

*Название образца (без пробелов, латиница, цифры, нижнее подчеркивание, дефис)

– Тип биоматериала – например, мазок из носо- или ротоглотки, аутопсия и т.п.

– *Место забора материала (в формате Страна/Регион/Город)

– *Дата забора материала в формате (ГГГГ или ГГГГ-ММ или ГГГГ-ММ-ДД)

– *ID образца (идентификационный номер образца из системы report.gsen.ru форма 970)

– *Субъект РФ (в формате Регион/Город)

– Пол пациента – М/Ж

– Возраст пациента – полных лет или неизвестен

– Социальный статус (род занятий/место работы)

– *Ct на ПЦР-тесте

– *Завозной случай – ДА/НЕТ

– *Если завозной случай, то дата прибытия в формате (ГГГГ или ГГГГ-ММ или ГГГГ-ММ-ДД)

– *Если завозной случай, то откуда прибыл (Страна прибытия/населенный пункт)

– Дата заболевания (ГГГГ или ГГГГ-ММ или ГГГГ-ММ-ДД)

– Клиническая форма заболевания – бессимптомно/ОРВИ/ВП/неизвестно

– Исход заболевания – болеет/выздоровел/умер/неизвестно

– Госпитализация – – ДА/НЕТ/неизвестно

– *Подозрение на повторное инфицирование SARS-CoV-2 – ДА/НЕТ/неизвестно

– *Вакцинация – Привит/Не привит/Не известно

– *Название вакцины (если привит)

– Дата вакцинации (если привит)

– Кратность вакцинации – v1/v2

– Количество контактных лиц

– Из них выявлено лиц с COVID-19

– Если образцы от контактных лиц с COVID-19 поступили на секвенирование (указать идентификационные номера образцов из системы report.gsen.ru форма 970, если известно)

– Предположительный источник инфекции (если установлен)

IV. Требования к транспортированию материала

4.1. Материал помещается в герметичный, предварительно охлажденный до температуры хранения образцов металлический контейнер (термос с широким горлом), обеспечивающий сохранность терморежима. Допускается поместить в контейнер охлаждающие элементы. Во избежание аварий недопустимо помещать внутрь металлического контейнера (термоса) сухой лед или жидкий азот.

4.2. К наружной поверхности прикрепляют этикетку, содержащую информацию об организации, направившей материал, идентификационные данные материала с перечислением образцов, дату упаковки.

4.3. Маркированный контейнер помещают в термоизолирующую пенопластовую коробку (термоконтейнеры, сумки-термосы), содержащую замороженные хладоэлементы и/или сухой лед в количестве, достаточном для обеспечения непрерывной холодовой цепи до места доставки.

4.4. К наружной стенке коробки прикрепляют этикетку с указанием вида материала, условий транспортирования, названия пунктов назначения, получателя и отправителя с контактными данными. Не допускается указание на этикетке снаружи упаковки любых данных, помимо вышеуказанных.

4.5. Перевозка образцов должна осуществляться в соответствии с требованиями санитарного законодательства по отношению к микроорганизмам II группы патогенности.

4.6. Биоматериал необходимо доставлять в научные организации Роспотребнадзора в течение не более 5 суток от момента забора.

5.1. Актуальный список вариантов, подлежащих исследованию, с указанием искомых мутаций, а также их распределения по амплифицируемым фрагментам из протоколов Университета Женевы и ARTIC v.3 или других приводится в техническом бюллетене, обновляемом 1 и 15 числа каждого месяца на портале https://genome.crie.ru/.

В случае оперативной необходимости бюллетень может быть дополнительно актуализирован.

Информация об актуализации данных поступает в виде информационной рассылки с портала https://genome.crie.ru/ в научно-исследовательские организации Роспотребнадзора, осуществляющие проведение секвенирования (приложение 4).

5.2. Для дифференциации геновариантов вируса SARS-CoV-2 используются методы (1) фрагментного секвенирования по Сэнгеру отдельных локусов гена, кодирующего S-белок, (2) секвенирования полной последовательности S-гена или (3) секвенирование полного генома вируса SARS-CoV-2.

5.3. При применении методов секвенирования последовательно проводится (1) амплификация необходимых фрагментов генома SARS-CoV-2, определения наличия продуктов амплификации, (2) секвенирование пригодных образцов выбранным методом, из числа перечисленных ниже, (3) выдача заключения о вероятной принадлежности к искомому геноварианту.

5.4. Сроки проведения оценки качества (амплификация необходимых фрагментов генома SARS-CoV-2, определение наличия продуктов амплификации) – не более 3 суток от момента поставки образцов (96 или менее).

Сроки проведения фрагментного секвенирования пригодных образцов (любым выбранным протоколом) – не более 4 дней от момента получения заключения о качестве.

Сроки проведения секвенирования гена S-белка (любым выбранным протоколом) – не более 7 дней от момента получения заключения о качестве.

Сроки проведения полногеномного секвенирования пригодных образцов (любым выбранным протоколом) – не более 12 дней от момента получения заключения о качестве.

Сроки выдачи заключения о вероятной принадлежности вируса к одному из искомых вариантов – образца не более 1 дня от момента завершения секвенирования.

5.6. Инструкция по работе с программой genome.crie.ru приведена в приложении 5 к настоящим методическим рекомендациям.

Приложение 1к MP 3.1.0272-22

Переченьнаучных организаций, противочумных учреждений Роспотребнадзора, осуществляющих секвенирование

Перечень учреждений, осуществляющих секвенированиеСубъекты

ФБУН “Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии Роспотребнадзора”ФБУН “Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии Роспотребнадзора”Владимирская, Ивановская, Костромская, Рязанская, Смоленская, Тверская, Липецкая, Тамбовская, Ярославская областиМоскваМагаданская область,Чукотский автономный округ,Камчатский край

ФБУН “Государственный научный центр прикладной микробиологии и биотехнологии” РоспотребнадзораФБУН “Государственный научный центр прикладной микробиологии и биотехнологии” РоспотребнадзораКалужская, Московская, Орловская, Тульская Белгородская, Воронежская Брянская, Курская области

ФБУН “Санкт-Петербургский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии имени Пастера” РоспотребнадзораФБУН “Санкт-Петербургский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии имени Пастера” РоспотребнадзораРеспублики Карелия, Коми,Ненецкий автономный округ,Архангельская, Вологодская, Ленинградская, Новгородская, Псковская Мурманская Калининградская областиг. Санкт-Петербург

ФКУЗ “Российский научно-исследовательский противочумный институт “Микроб” РоспотребнадзораФКУЗ “Российский научно-исследовательский противочумный институт “Микроб” РоспотребнадзораРеспубликиБашкортостанУдмуртскаяТатарстанСамарская Пензенская, Саратовская, Ульяновская Оренбургская области

ФБУН “Нижегородский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии имени академика И.Н. Блохиной” РоспотребнадзораФКУЗ “Российский научно-исследовательский противочумный институт “Микроб”Республики МордовияМарий ЭлЧувашскаяНижегородская Кировская области,Пермский край

ФБУН “Тюменский научно-исследовательский институт краевой инфекционной патологии” РоспотребнадзораФБУН “Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии “Вектор” РоспотребнадзораЧелябинскаяКурганскаяСвердловскаяТюменская области,Ханты-МансийскийЯмало-Ненецкий автономные округа

Больше проверок:  Почему не выдать паспорт на 10 лет в 2023 году — последние новости?

ФКУЗ “Волгоградский научно-исследовательский противочумный институт” РоспотребнадзораФКУЗ “Волгоградский научно-исследовательский противочумный институт” РоспотребнадзораВолгоградскаяАстраханская областиРеспублика Калмыкия

ФКУЗ “Ставропольский научно-исследовательский противочумный институт” РоспотребнадзораФКУЗ “Ставропольский научно-исследовательский противочумный институт” РоспотребнадзораКраснодарский крайРеспублика Адыгея

ФБУН “Ростовский научно-исследовательский институт микробиологии и паразитологии” РоспотребнадзораФКУЗ “Ростовский научно-исследовательский противочумный институт” РоспотребнадзораРостовская область Крым,г. Севастополь

ФКУЗ “Ставропольский научно-исследовательский противочумный институт” РоспотребнадзораФКУЗ “Ставропольский научно-исследовательский противочумный институт” РоспотребнадзораРеспублики Северная Осетия – Алания,Ингушская, Чеченская, ДагестанКабардино-Балкарская, Карачаево-Черкесская,Ставропольский край

ФБУН “Омский научно-исследовательский институт природно-очаговых инфекций” Роспотребнадзора”Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии “Вектор” РоспотребнадзораОмская, Томская, Кемеровская области

ФКУЗ “Иркутский научно-исследовательский противочумный институт Сибири и Дальнего Востока” РоспотребнадзораФКУЗ “Иркутский научно-исследовательский противочумный институт Сибири и Дальнего Востока” РоспотребнадзораИркутская областьРеспублика Бурятия,Забайкальский крайРеспублика Хакасия,Красноярский крайРеспублика Алтай,Алтайский крайРеспублика Тыва

ФБУН “Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии “Вектор” Роспотребнадзора”Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии “Вектор” РоспотребнадзораНовосибирская область

ФБУН “Хабаровский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии” Роспотребнадзора”Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии “Вектор” РоспотребнадзораРеспублика Саха (Якутия),Хабаровский край,Приморский край,Еврейская автономная область,Сахалинская, Амурская область

ФБУН “Научно-исследовательский институт дезинфектологии” РоспотребнадзораКоммерческие организации осуществляющие молекулярно-генетические исследования (ПЦР)

Приложение 2к MP 3.1.0272-22

Требования к файлам, содержащим информацию о нуклеотидной последовательности

Каждый геном SARS-CoV-2 должен быть представлен одной нуклеотидной последовательностью в форматах “*.fasta”, “*.fas”, “*.fa”.

Требования к наименованию последовательности:

– должно содержать латинские буквы, цифры, нижнее подчёркивание, не должно содержать пробелов

– должно быть полностью идентично названию образца, введенному в форму для представления метаданных.

Требования к буквенным обозначениям нуклеотидов в файлах:

– в случае наличия не покрытых (неотсеквенированных) областей в геноме, они должны быть замаскированы последовательностью, состоящей из букв NNN;

– в случае наличия вырожденных нуклеотидных позиций они обозначаются вырожденным кодом, согласно номенклатуре IUРАС (например R, для обозначения A/G и т.п.)”.

Приложение 3к МР 3.1.0272-22

Обязательство о неразглашении конфиденциальной информации

(фамилия имя отчество)

выполняя свои должностные обязанности ___________________________________

в НАЗВАНИЕ ОРГАНИЗАЦИИ и являясь непосредственным участником проекта, реализуемым в соответствии с Постановлением Правительства Российской Федерации от 23 марта 2021 N 448 и приказом Роспотребнадзора от 19.02.2021 N 56 “О совершенствовании молекулярно-генетического мониторинга штаммов возбудителя новой коронавирусной инфекции” (далее – Проект), получаю доступ к конфиденциальной информации и обязуюсь:

1. Не разглашать информацию, полученную в рамках обсуждения и выполнения задач по проекту, обеспечивать сохранность указанной информации и использование исключительно в целях реализации Проекта.

В контексте настоящего Обязательства понятие “Конфиденциальная информация” в рамках реализации Проекта означает любую информацию, сообщенную устно либо представленную в письменной, визуальной формах, на электронных носителях или иной материальной форме, включая, но, не ограничиваясь перечисленной в настоящем Обязательстве информацией:

– персональные данные граждан (пациентов), работников НАЗВАНИЕ ОРГАНИЗАЦИИ и ФБУН ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора, третьих лиц;

– сведения, составляющие врачебную тайну, в т.ч. информация о состоянии здоровья граждан (пациентов), диагноз, иные сведения, полученные при обследовании и лечении граждан (пациентов);

– документация и сведения по Проекту, в т.ч. почтовые письма и служебная переписка;

– программное обеспечение, аппаратные и программных средства, используемые для реализации Проекта;

– информация об иных проектах и деятельности НАЗВАНИЕ ОРГАНИЗАЦИИ и ФБУН ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора, связанной с реализацией вышеуказанных нормативных актов (если данная информация не является публичной и не находится в открытом доступе).

2. Не передавать Конфиденциальную информацию лицам, не являющимся участниками Проекта, за исключением директора НАЗВАНИЕ ОРГАНИЗАЦИИ, ФБУН ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора или иного специально уполномоченного Правительством Российской Федерации или Роспотребнадзором по данному Проекту лица/организации;

3. Не копировать и не распространять Конфиденциальную информацию любым способом, кроме согласованного директором НАЗВАНИЕ ОРГАНИЗАЦИИ и ФБУН ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора или иным специально уполномоченным Правительством РФ или Роспотребнадзором по данному Проекту лицом/организацией;

4. Ни во время моей работы, ни в течение 3 (трех) лет после увольнения не обсуждать и не раскрывать информацию, связанную как с деятельностью НАЗВАНИЕ ОРГАНИЗАЦИИ и ФБУН ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора при реализации Проекта, так и информацию, касающиеся лично моего участия в Проекте (характер выполняемой работы, ее содержание и др.);

_____________________ _______________________________________________

(подпись) (фамилия, инициалы)

5. Обеспечить сохранность документов, содержащих Конфиденциальную информацию, не допускать несанкционированное ознакомление с документами, содержащими Конфиденциальную информацию, третьих лиц и работников НАЗВАНИЕ ОРГАНИЗАЦИИ, не привлеченных к работе по Проекту директором НАЗВАНИЕ ОРГАНИЗАЦИИ или иным специально уполномоченным Правительством РФ или Роспотребнадзором по данному Проекту лицом/организацией;

6. В случае попытки посторонних лиц получить от меня сведения, составляющие Конфиденциальную информацию, немедленно сообщать об этом директору НАЗВАНИЕ ОРГАНИЗАЦИИ или иному уполномоченному директором по данному Проекту лицу;

7. Об утрате или недостаче носителей Конфиденциальной информации и о других фактах, которые могут привести к разглашению Конфиденциальной информации, а также о причинах и условиях возможной утечки сведений и хищений немедленно сообщать директору НАЗВАНИЕ ОРГАНИЗАЦИИ или иному уполномоченному директором по данному Проекту лицу;

8. В случае моего увольнения вернуть все носители Конфиденциальной информации (документы, черновики, чертежи, зарисовки, макеты, магнитные ленты, диски, внешние накопители, распечатки на принтерах, фотонегативы и позитивы, модели, материалы, изделия, коды и пр.), которые находились в моем распоряжении в связи с выполнением мною должностных обязанностей во время работы над Проектом;

9. В случае вынужденного раскрытия любой Конфиденциальной информации или совершения любого другого действия в нарушение настоящего Обязательства, обязуюсь незамедлительно уведомить об этом директора НАЗВАНИЕ ОРГАНИЗАЦИИ в письменной форме;

10. Соблюдать иные требования, предусмотренные локальными нормативными актами ФБУН ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора об обеспечении сохранности коммерческой тайны и конфиденциальной информации ФБУН ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора.

11. Обеспечить незамедлительный возврат всех материалов, содержащих конфиденциальную информацию, а также всех копий таких материалов в дирекцию НАЗВАНИЕ ОРГАНИЗАЦИИ или иному специально уполномоченному им по данному Проекту лица.

Я не буду сам(а) и не позволю другим лицам без разрешения директора НАЗВАНИЕ ОРГАНИЗАЦИИ делать копии либо аннотации на документы и материалы, касающиеся Конфиденциальной информации и реализации Проекта.

Мне известно, что нарушение настоящего Обязательства может повлечь дисциплинарную, административную, гражданско-правовую или уголовную ответственность в соответствии с законодательством Российской Федерации: в виде дисциплинарного взыскания, вплоть до расторжения Трудового договора; обязанности по возмещению ущерба – убытков, упущенной выгоды и ущерба деловой репутации. Настоящее соглашение не распространяется на сведения, полученные мной до факта загрузки их в систему Проекта, и не ограничивает меня в плане работы с этими сведениями, либо их публикации.

(подпись) (фамилия, имя, отчество)

“__” _________ 202___ года”

Приложение 4к MP 3.1.0272-22

В настоящее время (на 10.01.2022) к вариантам ВЭП (VOC) относятся штаммы, принадлежащие к линиям:

– Beta, В.1.351 (“ЮАР”);

– Gamma, P.1 линии В.1.1.28 (“Бразильский”);

– Карра, В.1.617.1 (“Индийский. 1”);

– Delta, В.1.617.2 (“Индийский.2”).

К вариантам ТДИ (VUI) (на 12.06.2021) относятся:

– АТ.1 линии В.1.1.370.1;

Ниже приводятся рекомендации по дифференциации вышеуказанных геновариантов с помощью методов (1) фрагментного секвенирования по Сэнгеру отдельных локусов гена, кодирующего S-белок, (2) секвенирования по Сэнгеру полного гена S-белка, (3) полногеномного секвенирования.

Таблица 1. Характерные мутации S-гена геновариантов ВЭП и ТДИ

Мутации гена S

Alpha, В.1.1.7Н69-, V70-, Y144-, N501Y, A570D, D614G, Р681Н, T716I, S982A, D1118H

Beta, В.1.351D80A, D215G, L241-, L242-, А243-, K417N, Е484К, N501Y, D614G, A701V

Gamma, P.1L18F, T20N, P26S, D138Y, R190S, К417Т, Е484К, N501Y, D614G, H655Y, T1027I, V1176F

Delta, В.1.617.2T19R, Е156-, F157-, R158G, L452R, Т478К, D614G, P681R, D950N

Карра, В.1.617.1G142D, Е154К, L452R, E484Q, D614G, P681R, Q1071H

AT. 1 линии В.1.1.370.1P9L, D215G, C136-, N137-, D138-, Р139-, F140-, L141-, G142-, V143-, Y144-, Н245Р, F306I, T307S, V308C, E309R, K310S, G311V, I312L, Е484К, N679K, ins_679_GIAL, E780K

В.1.1.523E156-, F157-, R158-, F306L, E484K, S494P, E780A

1. Алгоритм дифференциации генетических вариантов вируса SARS-CoV-2 с помощью фрагментного секвенирования по Сэнгеру отдельных локусов гена, кодирующего S-белок.

Дифференциацию геновариантов вируса SARS-CoV-2 по локусам из протоколов Университета Женевы и ARTIC осуществляют в соответствии с таблицей 2, определяя делеции 21765-21770 (делеция HV 69-70), 21991-21993 (делеция Y144), 22287-22295 (делеция LAL 242-244), 21969-21995 (делеция CNDPFLGNY 136-144), замены А21801С (замена D80A), G21974T (замена D138Y), G22132T (замена R190S), A22206G (замена D215G), А22296С (замена Н245Р), T22917G (замена L452R), С22995А (замена Т478К), G23012A (замена Е484К), G23012C (замена E484Q), А23063Т (замена N501Y), С23271А (замена A570D). Нумерация нуклеотидных остатков приведена относительно референс-штамма hCoV-19/Wuhan/WIV04/2019 (EPI_JSL_402124).

На идентификацию геноварианта В.1.1.7 (“Британский”) направлено обнаружение при секвенировании фрагмента F44-R44 или nCoV-2019_72 делеций 21765-21770 (HIV 69-70), 21991-21993 (Y144), а также обнаружение замены А23063Т (N501Y) при секвенировании фрагмента F47-R47 или nCoV-2019_76, замены С23271А (A570D) при секвенировании фрагмента F47-R47 или nCoV-2019_77.

На идентификацию геноварианта В.1.351 (“ЮАР”) направлено обнаружение при секвенировании фрагмента F44-R44 или nCoV-2019_72 замены А21801С (D80A), а также обнаружение делеции 22287-22295 (LAL 242-244) и замены A22206G (D215G) при секвенировании фрагмента nCoV-2019_73, замен G23012A (Е484К) и А23063Т (N501Y) при секвенировании фрагмента F47-R47 или nCoV-2019_76.

Больше проверок:  Подробное руководство, что делать при проверке магазина на предмет удовлетворенности покупками

На идентификацию геноварианта -Р.1 линии В.1.1.28 (“Бразильский”) направлено обнаружение при секвенировании фрагмента F44-R44 или nCoV-2019_72, замены G21974T (D138Y), а также обнаружение замены G22132T (R190S) при секвенировании фрагмента nCoV-2019_73, замен G23012A (Е484К) и А23063Т (N501Y) при секвенировании фрагмента F47-R47 или nCoV-2019_76.

На идентификацию геноварианта В.1.617.1 (“Индийский.1”) направлено обнаружение при секвенировании nCoV-2019_76 замен T22917G (L452R) и G23012C (E484Q) для филогенетической линии В.1.617.1 и замен T22917G (L452R).

На идентификацию геноварианта В.1.617.2 (“Индийский.2”) направлено обнаружение при секвенировании nCoV-2019_76 замен T22917G (L452R) и G23012C (E484Q) для филогенетической линии В.1.617.1 и замен T22917G (L452R), а также С22995А (Т478К) для филогенетической линии В.1.617.2.

На идентификацию геноварианта В.1.1.523 направлено обнаружение при секвенировании фрагмента F44-R45 или nCoV-2019_(72_Left+73_Right) делеции 22029-22037 (EFR 156-158), замен G23012A (Е484К) и t23042c (S494P) при секвенировании фрагмента F47-R47i или nCoV-2019_76.

На идентификацию геноварианта АТ.1 линии В.1.1.370.1 направлено обнаружение при секвенировании фрагмента F44-R44 или nCoV-2019_72 делеции 21969-21995 (CNDPFLGNY 136-144), а также обнаружение замен A22206G (D215G), А22296С (Н245Р) при секвенировании фрагмента nCoV-2019_73, замены G23012A (Е484К) при секвенировании фрагмента F47-R47 или nCoV-2019_76.

Таблица 2. Список мутаций генетических вариантов вируса SARS-CoV-2, детектируемых при фрагментом секвенировании

По протоколу Университета ЖеневыПо протоколу ARTIC v.3Генетические варианты SARS-CoV-2

Фрагмент F44-R45,внутренний фрагмент F44-R44*(1)Фрагмент F46-R47,внутренний фрагмент F47-R47Фрагмент nCoV-2019_72Фрагмент nCoV-2019_73Фрагмент nCoV-2019_76Фрагмент nCoV-2019_77

Делеция HIV69-70, Y144ЗаменыN501YA570DДелеция HIV69-70, Y144нетЗаменаN501YЗаменаA570DAlpha B.1.1.7(Британский)

ЗаменаD80AЗаменыN501YЕ484КЗаменаD80AДелецияLAL 242-244ЗаменаD215GЗаменыN501Y Е484КнетBeta В.1.351(ЮАР)

ЗаменаD138YЗаменыN501YЕ484КЗаменаD138YЗаменаR190SЗаменыN501YЕ484КнетGamma P.1, B.1.1.28(Бразилия)

ДелецияCNDPFLGNY136-144Е484К*(4)ДелецияCNDPFLGNY 136-144Замена*(5)D215GН245РЕ484КнетАТ.1 линии В.1.1.370.1(северо-западный)*(4), *(5)

*(1) Использование праймера R44 из протокола Университета Женевы и nCoV-2019_72_Right из протокола ARTIC v.3 может быть неэффективным для идентификации геноварианта В. 1.617.2 (Индия.2)! (праймеры относятся к зоне делеции).

*(2) Наличие данных замен и/или делеций является возможным, но не определяющим. Определяющими стоит считать замены в положениях 452, 478, 484.

*(3) Идентификация данных замен возможна только при секвенировании фрагмента F46-R47.

*(4) В случае геноварианта АТ.1 линии В.1.1.370.1 (северо-западный) использование праймера F46 из протокола Университета Женевы может быть неэффективным!

*(5) При определении геноварианта АТ.1 линии В.1.1.370.1 (северо-западный) использование праймера nCoV-2019_73_Left из протокола ARTIC v.3 невозможно!

Рекомендуемые протоколы исследования с помощью фрагментного секвенирования по Сэнгеру отдельных локусов гена, кодирующего S-белок:

Для амплификации участков, содержащих нуклеотидные замены, необходимые для определения геновариантов вируса SARS-CoV-2, используют олигонуклеотидные праймеры, указанные в Протоколе Университета Женевы (Geneva, December 26th, 2020, Rue Gabrielle-Perret-Gentil 4, 1211 Geneva 14, Switzerland), см. таблицу З.

Таблица 3. Праймеры используемые по протоколу Университета Женевы

* В случае геноварианта АТ.1 линии В.1.1.370.1 (северо-западный) использование праймера F46 из протокола Университета Женевы может быть неэффективным!

** Использование праймера R44 из протокола Университета Женевы может быть неэффективным для идентификации геноварианта В.1.617.2 (Индия.2)! (праймеры попадают в зону делеции).

При исследовании проб с низкими значениями (высокая вирусная нагрузка) достаточно одного раунда ПЦР с праймерами F44-R44 и F47-R47, обеспечивающими образование фрагментов 570 п.н. и 565 п.н., соответственно.

При исследовании проб с высокими значениями (низкая вирусная нагрузка) используется гнездовая ПЦР.

Первоначально проводят амплификацию с праймерами F44-R45 и F46-R47, фланкирующими фрагменты размером 1071 п.н. и 1068 п.н., а затем осуществляют вторую ПЦР с праймерами F44-R44 и F47-R47, где в качестве исследуемой ДНК используют ампликоны, полученные в первом раунде, см. таблицу 4.

Таблица 4. Рекомендуемые условия проведения реакции амплификации при использовании Протокола Университета Женевы.

Матричный режим1 этап2 этап5 этап6 этап

95°С – 5 мин95°С – 30 с55°С – 30 с72°С – 70 с38 циклов72°С – 4 мин10°С – хранение

В качестве альтернативного способа рекомендуется использовать пары праймеров nCoV-2019_72, nCoV-2019_76 и nCoV-2019_77 из протокола ARTIC v.3 (nCoV-2019 sequencing protocol v3 (LoCost) (protocols.io), см. таблицу 5.

Таблица 5. Праймеры используемые по протоколу ARTIC v.3

Рекомендуемые условия проведения реакции амплификации при использовании Протокола ARTIC v.3 см. таблица 6.

Таблица 6. Рекомендуемые условия проведения реакции амплификации при использовании протокола ARTIC v.3

Матричный режим1 этап3 этап4 этап5 этап6 этап

95°С – 5 мин95°С – 60 с62°С – 60 с72°С – 60 с10 циклов95°С – 30 с60°С – 30 с72°С – 30 с30 циклов72°С – 5 мин10°С – хранение

Допустимо также использовать праймеры из иных протоколов, позволяющие проводить амплификацию и последующее фрагментное секвенирование участков генома SARS-CoV-2, содержащих перечисленные нуклеотидные замены.

В качестве замены праймерам R44 из протокола Университета Женевы и nCoV-2019_72_Right из протокола ARTIC v.3 может быть использован праймер CACV_51_R, праймеру F46 из протокола Университета Женевы – праймер CACV_55_F и праймеру nCoV-2019_73_Left из протокола ARTIC v.3 – праймер CACV_52_F (таблица 7).

Таблица 7. Праймеры, рекомендуемые для замены неработающих праймеров из протоколов Университета Женевы и протокола ARTIC v.3

НазваниеПоследовательность 5′-3’Длина, пн

CACV_51_RGAG GGA GAT CAC GCA СТА АА20

CACV_55_FATG GAA CCA TTA CAG ATG CTG TAG24

CACV_52_FTGG ATG GAA AGT GAG TTC AGA G22

2. Алгоритм дифференциации генетических вариантов вируса SARS-CoV-2 с помощью фрагментного секвенирования полной последовательности гена, кодирующего S-белок.

Для дифференциации генетических вариантов вируса SARS-CoV-2 с помощью фрагментного секвенирования полной последовательности гена, кодирующего S-белок предлагается использовать тот же алгоритм, что и указанный выше для фрагментного секвенирования отдельных локусов.

Для амплификации полного гена S, необходимого для определения геновариантов вируса SARS-CoV-2, используют олигонуклеотидные праймеры из протокола ARTIC v3, перекрывающие полную нуклеотидную последовательность гена S SARS-CoV-2 длиной 3822 нуклеотидных оснований (позиция в геноме 21562 – 25384 н.о.).

Их последовательности и позиции в геноме, а также длина ожидаемых ампликонов, указаны ниже (см. таблица 8). Рекомендуемые условия проведения реакции амплификации при использовании протокола ARTIC v.3 приведены в таблице 8.

Таблица 8. Нуклеотидные последовательности и позиции в геноме олигонуклеотидных праймеров для секвенирования гена S SARS-CoV-2 (протокол ARTIC v3).

* ВНИМАНИЕ! Структура праймера N 1 (nCoV-2019_72_LEFT_alt) является уникальной, не входит в набор оригинального протокола ARTIC v3 и требует отдельного заказа.

Таблица 9. Рекомендуемые условия проведения реакции амплификации при использовании праймеров из протокола ARTIC v3.*

Матричный режим1 этап3 этап*5 этап6 этап

95°С – 30 с95°С – 30 с55°С – 10 с72°С – 40 с30-35 циклов72°С – 2 мин10°С – хранение

* данный температурный режим указан для протокола на основе Q5 High-Fidelity DNA Polymerase. При использовании других ферментов может потребоваться проведение оптимизации условий реакции.

При невозможности использования праймеров из протокола ARTIC v.3 предлагается использовать альтернативный набор праймеров из протокола ЦНИИЭ (неопубликованные данные) или отдельные праймеры, см. таблица 10.

Таблица 10. Нуклеотидные последовательности и позиции в геноме олигонуклеотидных праймеров для секвенирования гена S SARS-CoV-2 (протокол ЦНИИЭ)

Название праймераПозицияПоследовательность 5′-3’ДлинаДлина ампликона, пн

Cacv51_F21420-21440AAG GGG TAC TGC TGT TAT GTC21795

Cacv51_R22195-22214GAG GGA GAT CAC GCA СТА АА20

Cacv52_F22016-22037TGG ATG GAA AGT GAG TTC AGA G22526

Cacv52_R22518-22541CAA TAG ATT CTG TTG GTT GGA CTC24

Cacv55_F22407-22430ATG GAA CCA TTA СAG ATG CTG TAG24585

Cacv55_R22971-22991TAC CGG CCT GAT AGA TTT CAG21

Cacv07_F22842-22861ATG ATT TTA CAG GCT GCG TT20637

Cacv08_R23072-23091CCT GTA GAA TAA АСА CGC CA20

Cacv81_F23261-23282AGA GAC ATT GCT GAC ACT ACT G22585

Cacv81_R23821-23845TGT АСА AAA ACT GCC ATA TTG CAA С25

Cacv82_F23684-23709TCT AAT AAC TCT ATT GCC ATA CCC AC26538

Cacv82_R24200-24221TCC AAC CAG AAG TGA TTG TAC С22

Cacv83_F24122-24145AAG TTT AAC GGC CTT ACT GTT TTG24592

Cacv83_R24690-24713АСА TAA GAT GAT AGC CCT TTC CAC24

Cacv84_F24587-24611ACT CAA CAA TTA ATT AGA GCT GCA G25585

Cacv84_R25149-25171AAG TTC TTG GAG АТС GAT GAG AG23

Cacv85_F24810-24833ATG ATG GAA AAG CAC ACT TTC CTC24666

Cacv09_R25281-25300AAA TCT GAA GGA GTA GCA TCC TTG24

Таблица 11. Рекомендуемые условия проведения реакции амплификации при использовании праймеров из протокола ЦНИИЭ

95°С – 5 мин95°С – 30 с52°С – 30 с72°С – 60 с30-35 циклов72°С – 5 мин10°С – хранение

* данный температурный режим указан для протокола на основе Taq-полимеразы. При использовании других ферментов может потребоваться проведение оптимизации условий реакции.

3. Алгоритм дифференциации генетических вариантов вируса SARS-CoV-2 с помощью проведения полногеномного секвенирования

Для заключения о геноварианте SARS-CoV-2 в исследованной пробе рекомендуется использовать алгоритм классификации PANGOLIN (https://cov-lineages.org/).

Для секвенирования полной последовательности геномов SARS-CoV-2 рекомендуется использовать (на выбор) праймерную панель и протокол подготовки библиотек:

– ARTIC v.3 https://www.protocols.io/view/ncov-2019-sequencing-protocol-bbmuik6w

– SCV-2000bp https://www.protocols.io/view/protocol-for-scv-2000bp-a-primer-panel-for-sars-co-bn77mhrn.html

Приложение 5к MP 3.1.0272-22

Интерфейс работы с образцами.

АвторыФБУН ЦНИИ Эпидемиологии, Информационно-аналитический отдел.

ВерсияДата измененияОписание измененияАвтор изменения

1.0.008.02.21Составлена первая версия инструкцииЕвстифеев Е.А.

1.1.010.02.21Обновлены скриншоты из программыЕвстифеев Е.А.

1.1.010.02.21Добавлено дополнительное описание при заполнении формы единичной загрузкиЕвстифеев Е.А.

1.2.003.03.21Обновлено описание полей реестра.Евстифеев Е.А.

1.3.028.04.21Добавлено описание для работы региона, выделено в отдельную инструкцию.Евстифеев Е.А.

1.4.007.05.21Обновлено описание по менюЕвстифеев Е.А.

Проект – Российская платформа агрегации информации о геноме.

Задача системы – обеспечение быстрого доступа к данным об эпидемиях и пандемических вирусах.

Реализация проекта направлена на быстрый обмен данными по вирусу, в частности, по коронавирусу, вызывающем COVID-19. Это включает генетическую последовательность и соответствующие клинические и эпидемиологические данные, связанные с вирусами человека, а также географические и иные данные, связанные с вирусами. Это позволяет исследователям понять, как вирусы развиваются и распространяются во время эпидемий и пандемий.

Больше проверок:  Что такое единый реестр проверок на 2024 год и как найти информацию о проверках

Авторизация в системе

Данное окно доступно только для авторизованных пользователей, обладающих правами по работе с образцами.

В нем доступен следующий функционал:

1. Новый образец

3. Реестр образцов

3.1. Создать реестр

3.2. Список реестров

По нажатию на данный пункт открывается окно оформления нового образца:

После загрузки файла и заполнения данных система отобразит окно об успешности загрузки:

Затем можно сразу начать оформление нового образца, либо посмотреть результат сохранения в разделе “Образцы”.

В данном разделе представлены все образцы с их статусами. По мере прохождения по процессу обработки образца статус будет изменяться.

В правом верхнем углу расположена кнопка “Отчеты”. Она позволяет выгружать данные, которые отображены на экране, в виде отчета.

Таким образом, есть возможность сформировать отчет и получить результаты по всем образцам в статусе “Предварительный результат”, либо только готовы образцы.

В нем можно выбрать все образцы, доступные для отправки посредством создания реестра.

С помощью чек-бокса галочками выбираются нужные образцы:

После нажатия кнопки требуется подтвердить отправку реестра с данными записями:

На следующем шаге распечатать сам реестр:

Полученный реестр нужно подписать и передать курьеру.

В данном разделе доступна история всех отправленных реестров. При нажатии на его номер можно открыть конкретный реестр и распечатать его повторно.

В самой таблице указана как дата отправки, так и дата принятия реестра.

Реестр может находится в 2 статусах:

Руководитель Федеральной службыпо надзору в сфере защиты правпотребителей и благополучиячеловека, Главный государственныйсанитарный врач РоссийскойФедерацииА.Ю. Попова

Главная / r

Важно! Наш юрист поможет, если ваши права были нарушены – опишите как можно подробнее проблему и вам предложат пути её решения. Наш сайт wdomain.ru не имеет отношения к сайту и домену report-gsen.ru и все данные о сайте и домене на этой странице принадлежат и относятся к сайту и домену report-gsen.ru.

Оцените рейтинг сайта report-gsen.ru, кликнув на одну из пяти звёздочек, и оставьте о нем свой положительный отзыв или напишите жалобу. Задайте вопрос по сайту (домену) report-gsen.ru и, возможно, вам ответят.
Пишите текст без переноса строк, все переносы автоматически удаляются.

Что это за сайт report-gsen. ru?

Посетить сайт report-gsen.ru можно, только если он существует в настоящее время и у него нет проблем с доступностью.
Но сначала полезно почитать отзывы о сайте report-gsen.ru, которые можно найти через поисковые системы или на этой странице, если они есть.
Если сейчас сайт не работает, можно узнать как он выглядел раньше по скриншотам из истории этого сайта и узнать, что это за сайт.
Домен (или доменное имя) – это адрес сайта в сети Интернет. Узнать, зарегистрирован домен report-gsen.ru или нет, можно через эту форму.

Данные о сайте

Репорт гсен ру

Посещаемость сайта

Репорт гсен ру

По данным рейтингов

Рейтинг сайта report-gsen.ru по Alexa.

Рейтинг сайта report-gsen.ru по SimilarWeb (требуется регистрация).

Номер рейтинга покажет место сайта report-gsen.ru в общем списке всех сайтов по посещаемости, чем меньше число рейтинга и сайт выше в списке – тем больше посещаемость.

История WHOIS домена report-gsen.

Репорт гсен ру

История сайта report-gsen

Кликните для просмотра.

Новый скриншот сайта

Кликните для создания.

Как купить домен report-gsen. ru?

Чтобы сайт открывался в сети Интернет по адресу report-gsen.ru, нужен соответствующий домен.
Зарегистрируйте свободный домен прямо сейчас, пока его не заняли! Или купите занятый домен: опытные доменные брокеры грамотно проведут переговоры с владельцем нужного вам домена и помогут выкупить его для вас. Самая последняя информация по домену report-gsen.ru:

  • Свободен или зарегистрирован этот домен
  • Серверы DNS
  • Соcтояние домена
  • Администратор домена (частное лицо или оранизация)
  • Регистратор домена
  • Дата регистрации
  • Дата окончания регистрации
  • Планируемая дата освобождения

доступна через форму ниже. Также можно получить информацию по любому другому домену.

Проверка WHOIS любого домена

По данным на 11.02.2023 уже зарегистрировано доменов в зоне .RU – 4936456

Как найти владельца сайта (домена)?

Вы можете легко связаться с владельцем report-gsen.ru (или любого зарегистрированного домена). Проверьте нужный домен через вышеприведённую форму и, если домен зарегистрирован, среди выданной информации будет ссылка на форму связи с администратором домена:

Администратор домена – это и есть владелец, который обязательно получит ваше сообщение.

Полезные статьи

Выберите интересующий домен.

Репорт гсен ру

Страница сгенерировалась за 0.0608 сек.

Федеральная служба по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека во изменение письма Роспотребнадзора от 29.10.2010 № 01/14030-0-32 «О представлении информации по поставкам вакцин и иммунизации против гриппа» и в целях обеспечения мониторинга за ходом иммунизации населения против гриппа и поставками противогриппозных вакцин в эпидсезон 2010 – 2011 гг. предлагает размещать указанную информацию на сайте http://report.gsen.ru в следующем порядке:

– Отчет «Сведения о ходе поставок вакцин против гриппа в эпидсезон 2010 – 2011 гг еженедельно (по пятницам) (с 00.00 до 14.00 МСК), согласно таблицам №№ 1-2 (Приложение № 1).

– Отчет «Сведения о ходе иммунизации населения в эпидсезон 2010 – 2011 гг.» ежедневно (с 00.00 до 12.00 МСК), согласно таблице № 1 (Приложение № 2).

Приложение: на 1 л. в 1 экз.

Сведенияо ходе поставок вакцины гриппол плюс в эпидсезоне 2010 – 2011 гг.

Письмо Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека от 22 октября 2010 г. № 01/15090-0-32 “О представлении информации о ходе иммунизации против гриппа и поставками вакцин против гриппа в эпидсезон 2010 – 2011 гг.”

Текст письма официально опубликован не был

Роспотребнадзор решил провести мониторинг за ходом иммунизации населения против гриппа и за поставками вакцин в эпидсезон 2010-2011 гг.

В связи с этим на сайте http://report.gsen.ru необходимо еженедельно размещать сведения о ходе поставок. Ежедневно должны поступать данные об иммунизации.

Для просмотра актуального текста документа и получения полной информации о вступлении в силу, изменениях и порядке применения документа, воспользуйтесь поиском в Интернет-версии системы ГАРАНТ:

Главная / w

Важно! Наш юрист поможет, если ваши права были нарушены – опишите как можно подробнее проблему и вам предложат пути её решения. Наш сайт wdomain.ru не имеет отношения к сайту и домену www-report-gsen.ru и все данные о сайте и домене на этой странице принадлежат и относятся к сайту и домену www-report-gsen.ru.

Оцените рейтинг сайта www-report-gsen.ru, кликнув на одну из пяти звёздочек, и оставьте о нем свой положительный отзыв или напишите жалобу. Задайте вопрос по сайту (домену) www-report-gsen.ru и, возможно, вам ответят.
Пишите текст без переноса строк, все переносы автоматически удаляются.

Что это за сайт www-report-gsen. ru?

Посетить сайт www-report-gsen.ru можно, только если он существует в настоящее время и у него нет проблем с доступностью.
Но сначала полезно почитать отзывы о сайте www-report-gsen.ru, которые можно найти через поисковые системы или на этой странице, если они есть.
Если сейчас сайт не работает, можно узнать как он выглядел раньше по скриншотам из истории этого сайта и узнать, что это за сайт.
Домен (или доменное имя) – это адрес сайта в сети Интернет. Узнать, зарегистрирован домен www-report-gsen.ru или нет, можно через эту форму.

Рейтинг сайта www-report-gsen.ru по Alexa.

Рейтинг сайта www-report-gsen.ru по SimilarWeb (требуется регистрация).

Номер рейтинга покажет место сайта www-report-gsen.ru в общем списке всех сайтов по посещаемости, чем меньше число рейтинга и сайт выше в списке – тем больше посещаемость.

История WHOIS домена www-report-gsen.

Чтобы сайт открывался в сети Интернет по адресу www-report-gsen.ru, нужен соответствующий домен.
Зарегистрируйте свободный домен прямо сейчас, пока его не заняли! Или купите занятый домен: опытные доменные брокеры грамотно проведут переговоры с владельцем нужного вам домена и помогут выкупить его для вас. Самая последняя информация по домену www-report-gsen.ru:

Вы можете легко связаться с владельцем www-report-gsen.ru (или любого зарегистрированного домена). Проверьте нужный домен через вышеприведённую форму и, если домен зарегистрирован, среди выданной информации будет ссылка на форму связи с администратором домена:

Страница сгенерировалась за 0.0412 сек.

Главная / h

Важно! Наш юрист поможет, если ваши права были нарушены – опишите как можно подробнее проблему и вам предложат пути её решения. Наш сайт wdomain.ru не имеет отношения к сайту и домену https-report-gsen.ru и все данные о сайте и домене на этой странице принадлежат и относятся к сайту и домену https-report-gsen.ru.